C'est l'explorateur espagnol alvar Nunez Cabeza de Vaca qui a découvert ses merveilles en 1541 lors d'un voyage entre Florianopolis et le Paraguay. Le nom Iguaçu viens du mot indien guarani qui veut dire grandes eaux.

Au XIX siècle l'ingénieur André Rebouças avait lancé l'idée d'en faire un parc national comme le premier parc américain de Yellowstone crée en 1872. L'aviateur brésilien Santos Dumont a relancé l'idée en 1916 après un survol des chutes toujours en vain, il a fallu attendre 1934 lorsque l'Argentine a crée son parc national d'Iguaçu pour que les dirigeants brésiliens en fassent autant 5 ans plus tard.

La légende dit que M'BOI, un dieu serpent qui veillait sur les indiens Gaingange habitants du lieu, était tombé amoureux de la fille du chef nommée Naipi.
Celle-ci ayant donné son cour à Taroba, a voulu s'enfouir avec l'élu de son cour sur le fleuve.
Le dieu serpent furieux a donné un coup de queue si fort qu'il a creusé les chutes et les amoureux y sont tombés dans les flots. Depuis 1986, l'Unesco a reconnu le parc comme faisant partie du patrimoine naturel mondial.